اندکی پس از هجرت آیت ا... العظمی حاج شیخ عبدالکریم حایری یزدی – رحمه ا... علیه ( نوروز 1300 ه . ش و رجب المرجب 1340 ه . ق ) امام خمینی (س ) نیز رهسپار حوزه علمیه قم گردید و به سرعت مراحل تحصیلات تکمیلی علوم حوزوی را طی کرد که می توان از فرا گرفتن تتمه مباحث کتاب مطول ( در علم معانی و بیان ) نزد مرحوم آقا میرزا محمد علی ادیب تهرانی ، تکمیل دروس سطح نزد مرحوم آیت ا... سید محمد تقی خوانساری و بیشتر نزد مرحوم آیت ا... سید علی یثربی کاشانی و دروس خارج فقه و اصول نزد آیت ا... حایری یزدی – رض – نام برد .
ایشان همزمان با فراگیری فقه و اصول ، به یادگیری ریاضیات ، هیئت و فلسفه نزد مرحوم حاج سید ابوالحسن رفیعی قزوینی و ادامه همین دروس به اضافه علوم معنوی و عرفانی نزد مرحوم میرزا علی اکبر حکمی یزدی پرداخت . عروض و قوافی و فلسفه اسلامی و فلسفه غرب را نزد مرحوم آقا شیخ محمد رضا مسجد شاهی اصفهانی و اخلاق و عرفان را نزد مرحوم آیت ا... میرزا جواد ملکی تبریزی و عالی ترین سطوح عرفان نظری و عملی را به مدت شش سال نزد مرحوم آیت ا... آقا میرزا محمد علی شاه آبادی – اعلی ا... مقاماتهم – فرا گرفت .
پس از رحلت آیت ا... العظمی حایری یزدی با تلاش امام خمینی (س) و جمعی دیگر از مجتهدین ، آیت ا... العظمی بروجردی – رض – به عنوان زعیم حوزه علمیه ، عازم قم گردید . در این زمان ، امام خمینی (س) به عنوان یکی از مدرسین و مجتهدین صاحب رأی در فقه ، اصول و فلسفه و عرفان و اخلاق شناخته می شد . حضرت امام طی سالهای طولانی در حوزه علمیه قم به تدریس چندین دوره فقه ، اصول ، فلسفه ، عرفان و اخلاق اسلامی در مدرسه فیضیه ، مسجد اعظم ، مسجد محمدیه ، مسجد حاج ملاصادق ، مسجد سلماسی و ... همت گماشت و در حوزه علمیه نجف نیز قریب 14 سال در مسجد شیخ اعظم انصاری ( ره ) معارف اهل بیت وفقه را در عالی ترین سطوح تدریس نمود . در نجف بود که برای نخستین بار مبانی نظری حکومت اسلامی را در سلسله درسهای ولایت فقیه بازگو نمود . از برکات سالها تدریس امام خمینی (س) تربیت صدها و بلکه به اعتبار مدت طولانی – هزاران عالم و فرزانه ای بوده است که هر یک روشنی بخش حوزه های دینیه و راهبر مصادر امور انقلاب و نظام جمهوری اسلامی بشمار می روند .
منبع گزارش:موسسه تنظیم نشر وآثار امام خمینی رحمت الله علیه